Contabilidade para clínicas médicas: Simples Nacional, equiparação e fator r
A L&F Gestão Contábil faz contabilidade para clínicas médicas em Belo Horizonte: consultórios, clínicas de uma ou de várias especialidades e profissionais de saúde que atendem por CNPJ. Numa clínica, o imposto do mês depende de decisões que parecem só administrativas — quanto o sócio retira de pró-labore, em que regime a empresa está, como a nota é emitida para o convênio. Esta página explica essas decisões uma a uma.
O escritório fica no Sagrada Família, e o atendimento é presencial ou 100% online. Se preferir falar direto sobre o caso da sua clínica, chame a gente no WhatsApp.
Por que a contabilidade de uma clínica médica é diferente?
Uma loja e uma clínica podem faturar o mesmo valor e pagar impostos bem diferentes. Na atividade médica, três pontos mudam a conta:
- O Fator R — no Simples Nacional, a proporção entre folha e faturamento decide se a clínica paga pelo Anexo III ou pelo Anexo V.
- A equiparação hospitalar — no Lucro Presumido, clínicas que fazem procedimentos de natureza hospitalar podem ter base de cálculo reduzida de IRPJ e CSLL, se cumprirem os requisitos.
- A forma de remunerar o sócio — pró-labore e distribuição de lucros têm tributação diferente e mexem nos dois pontos acima.
Clínica também tem obrigação que outros negócios não têm, como a DMED, a declaração anual dos valores recebidos de pacientes. Por isso a pergunta não é só "qual o regime mais barato", e sim "qual regime faz sentido para a estrutura que a clínica tem hoje". Se você ainda atende como pessoa física e pensa em abrir CNPJ, comece pelo guia de contabilidade para médicos.
Simples Nacional e Fator R na clínica médica
Serviços médicos podem optar pelo Simples Nacional enquanto o faturamento ficar dentro do limite de R$ 4,8 milhões por ano. O enquadramento é definido pelo Fator R: a folha de pagamento dos últimos 12 meses dividida pelo faturamento do mesmo período.
- Fator R de 28% ou mais — a clínica é tributada pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6%.
- Fator R abaixo de 28% — a clínica cai no Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%.
Entram na folha os salários, o pró-labore dos sócios, o FGTS e a contribuição previdenciária patronal. Como o cálculo usa sempre os últimos 12 meses, uma mudança na folha hoje afeta o enquadramento dos meses seguintes — e um mês de faturamento forte pode puxar o Fator R para baixo sem ninguém perceber.
Para ver em que anexo a sua clínica está agora, use o simulador de Fator R. O raciocínio completo, com exemplos, está no artigo sobre como funciona o Fator R no Simples Nacional.
Lucro Presumido e equiparação hospitalar
No Lucro Presumido, o IRPJ e a CSLL de quem presta serviço são calculados sobre 32% do faturamento. A Lei 9.249/1995 permite que serviços hospitalares usem bases menores: 8% para o IRPJ e 12% para a CSLL. Clínicas que prestam serviços dessa natureza podem usar a mesma regra — é o que se chama de equiparação hospitalar.
Os requisitos principais:
- a clínica precisa estar constituída como sociedade empresária;
- precisa atender às normas da Anvisa para os serviços que presta;
- a base reduzida vale para a receita dos procedimentos ligados à promoção da saúde — consultas simples ficam de fora.
Usar a base reduzida sem cumprir os requisitos gera diferença de imposto, com multa e juros, quando a Receita revisa. Por isso a análise começa pelo contrato social, pelo CNAE, pelo alvará sanitário e pela separação das receitas no faturamento — antes de mudar qualquer guia. Quer saber se a sua clínica se enquadra? Mande o contrato social pelo WhatsApp e a gente olha.
Pró-labore ou distribuição de lucros: como o sócio deve receber?
O sócio que trabalha na clínica recebe de duas formas. O pró-labore é a remuneração pelo trabalho: tem INSS e imposto de renda na fonte, e entra na folha usada no Fator R. A distribuição de lucros é a parte do resultado que sobra depois dos impostos da empresa, e tem tratamento próprio.
Cortar o pró-labore ao mínimo parece economia. Mas numa clínica do Simples ele pode derrubar o Fator R para baixo de 28% e levar a empresa do Anexo III para o Anexo V — e aí o imposto da empresa pode subir mais do que o INSS que deixou de ser pago. É uma conta para fazer com os números reais, mês a mês.
A distribuição de lucros também mudou em 2026. As regras novas estão em imposto sobre distribuição de lucros, e o efeito da nova faixa de isenção do IR sobre o pró-labore está em isenção de IR até R$ 5 mil no pró-labore.
ISS, nota fiscal e retenções
Serviço médico paga ISS ao município, e a alíquota depende da cidade e do enquadramento do serviço na lista da Lei Complementar 116/2003. Três situações pedem atenção:
- Atendimento em mais de um município — é preciso verificar onde o ISS é devido em cada caso.
- Serviço prestado a hospital, operadora ou convênio — o tomador pode reter tributos na nota. Clínica do Simples Nacional precisa informar a opção ao tomador para não sofrer retenção de IR e contribuições federais que não se aplica a ela.
- Emissão da nota — a NFS-e passou a seguir o padrão nacional. Veja o que mudou em NFS-e Nacional no Simples Nacional.
Retenção esquecida vira imposto pago duas vezes; retenção indevida vira dinheiro parado. As duas aparecem na conferência do mês, e é ali que a gente corrige.
O que a L&F faz todo mês pela clínica
- Apuração do imposto — cálculo do DAS com o Fator R conferido todo mês, ou apuração de IRPJ, CSLL, PIS, Cofins e ISS no Lucro Presumido.
- Folha e pró-labore — funcionários, sócios, eSocial e FGTS Digital.
- Notas e retenções — conferência das notas emitidas e das retenções feitas por hospitais e operadoras.
- DMED — a declaração anual dos valores recebidos de pacientes, que precisa bater com o que eles informam no imposto de renda.
- Revisão de regime — comparação entre Simples e Lucro Presumido quando a folha, o faturamento ou o quadro de sócios muda.
Atendemos também profissionais de saúde em outras estruturas: veja contabilidade para dentistas, quais serviços de saúde podem ser MEI e o livro caixa do profissional liberal, para quem ainda atende como pessoa física.
Fale conosco pelo WhatsApp para revisar o enquadramento da sua clínica.
Atendimento em Belo Horizonte, Região Metropolitana e online
O escritório fica na Rua Conselheiro Lafaiete, 1727, sala 502, no Sagrada Família. O atendimento presencial é para clínicas de Belo Horizonte, Nova Lima e da Região Metropolitana.
Para clínicas de outras cidades de Minas, o atendimento é online: documentos por WhatsApp, e-mail ou pasta compartilhada, e reunião por vídeo. Veja como funciona o contador online em Minas Gerais e o trabalho do nosso escritório de contabilidade em BH.
Já tem contador e quer trocar? A troca pode ser feita em qualquer mês, sem parar a clínica — o passo a passo está em como trocar de contador. Chame no WhatsApp para começar a conversa.
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Perguntas frequentes sobre contabilidade para clínicas médicas
As dúvidas que mais recebemos de médicos e sócios de clínicas:
Pode. A atividade médica se enquadra no Anexo III ou no Anexo V do Simples Nacional, e quem decide isso é o fator R: a razão entre a folha de pagamento dos últimos 12 meses e o faturamento do mesmo período. Se a folha representa 28% ou mais do faturamento, a clínica é tributada pelo Anexo III, cuja alíquota começa em 6%. Abaixo de 28%, cai no Anexo V, que começa em 15,5%. Para muitas clínicas, ajustar a política de pró-labore é o que decide essa conta.
Não. Clínicas que prestam atendimento hospitalar podem, quando cumprem os requisitos legais, apurar IRPJ e CSLL no Lucro Presumido sobre bases reduzidas — 8% para IRPJ e 12% para CSLL, em vez dos 32% aplicados aos serviços em geral. Os requisitos principais: a pessoa jurídica precisa estar constituída como sociedade empresária, e precisa atender às normas da Anvisa para os serviços prestados. Depende do tipo de procedimento, da estrutura da clínica e da forma societária — é preciso olhar o contrato social e o CNAE antes de qualquer conclusão.
Pró-labore é remuneração do sócio pelo trabalho — sofre INSS e IRRF, e entra no cálculo do fator R. Distribuição de lucros é resultado do exercício, tem tratamento tributário próprio e não entra no fator R. Reduzir o pró-labore ao mínimo pode parecer economia imediata, mas pode empurrar a clínica do Anexo III para o Anexo V e sair mais caro no total — é uma conta que precisa ser feita mês a mês, não estimada.
Serviço médico é tributado pelo ISS municipal, e a alíquota varia conforme o município e o enquadramento do serviço na lista da Lei Complementar 116/2003. Clínica que atende em mais de um município, ou que presta serviço para hospital ou operadora em outra cidade, precisa verificar onde o ISS é devido — e se há retenção pelo tomador. Erro nesse ponto costuma aparecer só quando chega a notificação.
Pode, a qualquer momento. A Resolução CFC 1.590/2020 obriga o contador que sai a entregar a documentação ao sucessor dentro de prazos definidos. Reter documento para dificultar a saída do cliente é infração ética.
Sim. Regularização de CNPJ e de guias atrasadas faz parte do trabalho. O primeiro passo é levantar o que está em aberto no e-CAC.
Não. O atendimento pode ser 100% online, com envio de documentos digital. Quem prefere presencial é atendido na Sagrada Família, em Belo Horizonte — atendemos também Nova Lima e a Região Metropolitana, incluindo Contagem, Betim e Sabará.
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